Так само, як і його філософські попередники, Анаксагор зайнятий вирішенням питання про початок і будову всесвіту (космосу). Згідно з його вченням, основу усього сущого утворюють найдрібніші частки різних речовин, які він називає "насінням" речей. Насінням ці частки називаються тому, що вони як би передбачають речі, служачи їх зародками. З'єднавшись один з одним по своїй подібності, вони утворюють власне плоть, дерево, метал і усе різноманіття інших речей. До складу кожної речі входить різне насіння, чим визначається різноманіття її властивостей. Будь-яка річ є тим, чим є (каменем, рослиною, кісткою), завдяки переважанню в ній насіння певної якості. Але разом з домінуючими, її визначальними якостями, їй властиві і усі інші. У зерні, вважав Анаксагор, є насіння волоса, кістки, м'яса. Інакше у людини, яка живиться хлібом, не росли б волосся, кістки, плоть. Виходить, що в усьому знаходяться усі якості, тільки різною мірою. Вираженням цього служить Анаксагоров принцип "усе в усьому".