Значне місце у творчості Декарта займає вчення про буття. Центральним поняттям цього вчення є «субстанція» (Субстанція - від лат. Subsnantia - сутність, щось, що лежить в основі.). Під субстанцією Декарт розуміє всяке суще, яке не потребує для свого буття ні в чому, крім самого себе. Це може бути й ідея, і фізичний предмет. Але в самому строгому і глибокому розумінні слова, субстанцією, по Декарту, є тільки Бог, Який вічний, всюдисущий, всемогутній, Він Творець всіх речей, Джерело усякого блага й Істини. До створеного світу поняття субстанції можна застосувати лише умовно.
Весь створений світ Декарт розчленовує на два роди субстанцій: духовні і матеріальні. Якщо головною ознакою духовної субстанції є її неподільність, то матеріальної - подільність до безкінечності. В якості основного атрибуту (корінного властивості) духовна субстанція має мислення, а матеріальна - протяг. Інші ж атрибути похідні від цих перших, і їх слід називати модусами. Так, наприклад, модусами мислення є уява, почуття, бажання, а модусами протягу - фігура, положення, рух і т. д.
В людині знаходяться, на думку Декарта, дві «створені» Богом і різко відрізняються один від одного субстанції: одна - протяжна (тілесна) субстанція, а інша - мисляча (духовна). Обидві вони рівноправні і незалежні один від одного. У цьому чітко проявляється дуалізм Декарта. У силу цієї обставини його «подвійна людина» (розчленований на дві половини), звичайно, є слабким істотою, проте за допомогою свого розуму він здатний себе посилити і підняти. А зробити це можна лише за допомогою хорошого методу.
Якщо Ф. Бекон звертав увагу на схильність розуму до деяких помилкам, то Декарт намагається виявити такі ідеї, які притаманні свідомості від народження.